Po miesięcznej blisko aklimatyzacji wyprawa wyruszyła w górę Nilu aż do Korosko, skąd dla skrócenia drogi i uniknięcia czterech katarakt na Nilu udała się na wiel­błądach przez Pustynię Nubijską do Berberu nad Nilem, gdzie ponownie wsiadła na barki nilowe. W czasie wspo­mnianej podróży przez pustynię uczestnicy wiele ucier­pieli od niezwykłego żaru i gwałtownego chamsinu. W dodatku Cienkowski zachorował na malarię. Pomimo trzynastogodzinnej dziennej marszruty przejście pustyni zajęło wyprawie dziesięć dni. Z Berberu wyprawa dopłynęła 20 lutego 1848 r. do miejsca połączenia się Nilu Błękitnego z Białym, gdzie w 1821 r. syn Muhammada Alego, Ali Izmail założył Char­tum. Po uzupełnieniu zapasów w Chartumie , wyprawa popłynęła w górę Nilu Błękitnego i przez Sennar, w ciągu dwóch tygodni dopłynęła na dahabijach do stolicy pro­wincji Faszoda, miasteczka Rosseros (obecnie Er-Rosejres).